В 1999 году вышла замуж за Шамиля Аляутдинова. В июне 2002 года, через месяц после защиты диплома, родился их первенец. С этого времени Зиля полностью сосредоточилась на воспитании ребенка. У нее с Шамилем Аляутдиновым четверо сыновей и две дочери.
Домашними хлопотами и воспитанием пятерых детей Зиля занимается самостоятельно, без помощи нянек и воспитателей. Управляя командой из пяти активных детей, Зиля Аляутдинова смогла не забыть о себе, сохранить уровень владения иностранными языками, а также позаботиться о личностном, духовном
и физическом развитии каждого ребенка. Дети прошли различные образовательные курсы в Каире, в Анталье, на Мальте, в Майами, в Бока Ратоне (США), в Англии.